Талукан стал последним крупным городом, который был захвачен движением «Талибан» в январе 2001 года. Во время осады города погибли сотни мирных жителей. После захвата «Талибаном» из города начался массовый исход населения. Гражданское население пыталось спастись на севере провинции Кундуз и в Панджшерском ущелье, в котором отряды бойцов Северного альянса сумели остановить продвижение талибов к северу и к востоку от города. Однако освободить город они не были в состоянии. После освобождения Талукана в ноябре 2001 года руководители Северного альянса обнаружили в Талукане массовое захоронение 70 женщин и детей — членов тех семей, которые не сумели убежать из города.

По состоянию на 2006 год население города составляло 196 400 человек.