Музей Армии Крайовой был открыт 31 июля 2004 года, во время президентства Леха Качинского, который считал открытие подобного музея делом чести. Идея создать его, возникла у жителей Варшавы еще в 1950 году, но в то время это было невозможно по политическим причинам. И только в 1983 году им удалось добиться разрешения властей создать хотя бы одно отделение в Историческом музее Варшавы.

Музей Армии Крайовой построен на месте, где с 1904 года до самого начала войны располагалась трамвайная электростанция. Примерно здесь же, в 1944 году началось Варшавское восстание, которое закончилось трагически для повстанцев. Исторический центр столицы Польши немецкие захватчики практически сравняли с землей, погибло более двухсот тысяч солдат и мирных жителей.