В 1364 г. король Казимир Великий получил разрешение Папы на основание университета в Кракове – на тот момент столицы королевства. Таким образом, Ягеллонский Университет стал вторым после университета в Праге, основанного в 1348 г., образовательным заведением такого рода в Центральной Европе. О статусе Ягеллонского Университета в средние века говорит количество иностранцев, которые в нем обучались: в 1433-1510 гг. они составляли 44% от общего числа студентов.

История Ягеллонского Университета богатая и непростая. Несколько раз он был под угрозой ликвидации – в 1795-ом г., когда Краков стал частью Австрии, его закрытие было практически решенным вопросом (Венскому Университету не нужна была конкуренция), пока не вмешались двое влиятельных венских профессоров с польскими корнями. В начале XIX века Краков сначала был присоединен к Княжеству Варшавскому, а потом в 1846 г. снова вернулся под контроль Австрии – тогда в годы германизации Ягеллонский Университет считался источником революции и политическим клубом, угрожавшим правительству.