Настоящая церковь была построена в 1679-1696 годах в стиле барокко по проекту придворного архитектора короля Иосифа Симона Беллотти. Освятил храм Майкл Стефан Радхеевский 14 октября 1696 года.

Башни и купола выполнены Джозефом Фонтанам в стиле позднего барокко (1725-1737 года), а фасад был создан в 1756 году Якубом Фонтанам.

В конце 19 века церковный интерьер был немного обновлен, а в 1882 году урну с сердцем Фредерика Шопена замуровали в один из столбов. Спустя несколько десятилетий была добавлена урна с сердцем Владислава Реймонта.

В 1944 году, в ходе Варшавского восстания храм был серьезно поврежден: фасад был разрушен вместе со сводами и алтарем, уничтожены картины «Вечеря Господня» и «Распятие». После этого храм был взорван немцами в январе 1945 года.

В период с 1945 по 1953 года церковь была восстановлена по проекту архитектора Зборовского. Интерьер претерпел некоторые изменения: ни барокко, ни фресок. Главный алтарь был восстановлен в период между 1960 и 1972 гг.

В 2002 году Папа Иоанн Павел II возвел церковь Святого Креста в ранг малой базилики.

 Адрес: Krakowskie Przedmieście 3, 00-047 Warszawa, Польша
 Телефон(ы): +48 22 826 89 10