В 1997 г. музей был реорганизован. Постановлением Правительства Литовской Республики от 24 марта 1997 г. «Относительно передачи Центра исследования репрессий в Литве и Музея жертв геноцида Центру исследования геноцида и резистенции жителей Литвы» права учредителя музея были переняты Центром исследования геноцида и резистенции жителей Литвы (ЦИГРЖЛ). В настоящее время музей является частью Мемориального департамента данного Центра.

В 1999 г. молодые и творческие архитекторы вместе с сотрудниками музея разработали проект экспозиций музея. Поскольку музей основан в историческом здании, при подготовке экспозиций была сохранена предыдущая планировка. Кроме того, разработчики старались оставить без изменений сохранившиеся аутентичные детали, кое-где воссоздать бывшие помещения или их фрагменты. Бывшая внутренняя тюрьма КГБ оставлена полностью аутентичной, вернее такой, какой его оставили сотрудники служб безопасности, покидавшие здание в августе 1991 г.

Уже в 2000 г. по разработанному проекту была открыта экспозиция в помещении, где некогда приводились в исполнение смертные казни.

В 2002 г. началось размещение экспозиций на первом этаже музея – в ноябре была открыта вводная экспозиция «Литва в 1940–1941 гг.: потери начинаются...». Она установлена в бывшем кабинете заместителя начальника внутренней тюрьмы МГБ (КГБ), поэтому наряду с экспонатами, рассказывающими об оккупации и советизации края, можно осмотреть и воссозданный интерьер кабинета. Работа по обустройству экспозиций на первом этаже музея была завершена в конце 2004 г. после размещения экспозиций, посвященных партизанской войне 1944–1953 гг.

В 2006 г. на втором этаже музея были размещены экспозиции, посвященные заключению жителей Литвы в ГУЛАГе в 1944–1956 гг., ссылкам 1944–1953 гг. и деятельности КГБ в 1954–1991 гг. В 2007 г. для посетителей двери распахнула последняя экспозиция на втором этаже, посвященная гражданскому (невооруженному) антисоветскому сопротивлению 1954–1991 гг. В двух помещениях второго этажа также воссозданы бывшие интерьеры – за стеклянной перегородкой экспонируется фотолаборатория КГБ и кабинет прослушивания телефонных разговоров.

После завершения оборудования экспозиций, посвященных советской оккупации, появилась возможность подготовить экспозицию о периоде оккупации Литвы нацистской Германией, тем более что после завершения полихромных исследований в 3-ей камере бывшей внутренней тюрьмы КГБ были найдены надписи, сделанные узниками гестапо и датируемые 1942–1944 гг. Поскольку в этой камере все еще велись реставрационные и консервационные работы, открытие экспозиции пришлось отложить до 2011 г.

31 декабря 2008 г. в распоряжение ЦИГРЖЛ был передан парк покоя в Тускуленай с находящимися в нем зданиями – Мемориальный комплекс парка покоя в Тускуленай стал подразделением Музея жертв геноцида.

 Адрес: Aukų g. 2,Vilnius 01113,Литва
 Телефон(ы): +370 (5) 2496264