Национальный археологический музей находится в западном крыле Монастыря Жеронимуш. Музей был основан в 1893 году известным археологом Хосе де Васконселас, а в 1903 году занял перестроенное западное крыло монастыря Жеронимуш, в которое ранее располагался дортуар монахов. Здание монастыря, построенное в начале XVI века, внесено в список Всемирного наследия ЮНЕСКО и часто упоминается как лучший пример стиля мануэлино в архитектуре.

Музей был основан как этнографический, но со временем приобрел больше археологический характер. В 1932 году музей стал центром археологического развития и исследований Португалии, постепенно расширялся. Были добавлены предметы из частных коллекций, археологическая коллекция королевского дома Португалии. Музейная площадь соответственно увеличивалась. В 1976 году он был закрыт и вновь открылся через четыре года. В 1984 году музей переехал в новое здание.