Национальный музей естественной истории создан сто двадцать лет тому назад. Это самый старый музей в Болгарии и один из самых богатых среди музеев естественной истории на Балканском полуострове. Он был основан в 1889 году князем Фердинандом, как Музей естественной истории князя. Сначала в нём сохранялись личные коллекции птиц, млекопитающих и бабочек князя Фердинанда. Первым смотрителем музея был придворный врач д-р Пол Леверкюн, который был знаменитым орнитологом. Он подготовил первую выставку в 14 залов на двух этажах в старом здании музея. Он был открыт для посетителей в 1907 году, тогда же был выпущен и первый и единственный полный каталог коллекции, в котором перечислены тысячи экспонатов, того времени.
Научные коллекции в Национальном музее естественной истории, являются наиболее представительными в своем роде на Балканах. Общий счет экспонатов насчитывает около одного миллиона экземпляров. В коллекции музея более 460 видов млекопитающих и более 1990 видов птиц. Коллекция рептилий и амфибий является одной из самых богатых в Европе. Насекомые около 480 000 экземпляров и более 300 000 других беспозвоночных. Особенно богата коллекция фауна пещер Болгарии и других стран, в которых многие виды не представлен ни в одном другом музее мира. Обогащение коллекций осуществляется путем сбора образцов в Болгарии, экспедициями или индивидуальными поездками за рубежом. А так же, обменом аналогичными учреждениями за рубежом, приобретением частных коллекций, передачи изъятых таможенными и правоохранительными органами коллекций или отдельных образцов. В палеонтологическом филиале города Асеновграда сохраняются около 30000 ископаемых костей млекопитающих из миоцена, населявших нашу землю.
Музей является единственным национальным учреждением, который принимает непосредственное участие в сохранении научных коллекций живой и неживой природы Болгарии и мира. Основными приоритетами музея являются изучение биоразнообразия, охраны окружающей среды и эволюции организмов. В связи с этим, основной задачей музея является комплексное изучение флоры, фауны, ископаемых, минералов и горных пород в Болгарии и других странах.