При Иване Грозном значение Вологды еще более возросло. Грозный хотел сделать из Вологды сильную крепость. Но начатая в 1565 году постройка каменного кремля осталась незавершенной. В 1612 году в Смутное время город был разрушен войсками польского короля Сигизмунда III Вазы.

Петр I бывал в Вологде неоднократно, память о его пребывании хранит мемориальный музей. С постройкой Петербурга торговые пути сместились на запад, и значение Вологды упало. С 1708 года она входила в Архангельскую губернию, с 1780 года стала центром Вологодского наместничества; в 1796 году наместничество преобразовано в губернию. С 1937 года Вологда стала областным центром.

Издревле в Вологде было развито и белокаменное и деревянное строительство. Позднее главным материалом для каменных зданий стал кирпич. К 1917 году в городе действовало семь кирпичных заводов. В 1820-е ггоды в окрестностях Вологды стало развиваться плетение кружев на коклюшках. Основной узор вологодских кружев напоминает снежинку и морозные узоры на окнах. Вологда знаменита своим сливочным маслом и льном.

Что посмотреть в Вологде

Исторически центр города сложился из четырех частей: Верхний Посад, Город, Нижний Посад, Заречье. Детинец времен Ивана Грозного не сохранился, в его границах находится Город. В сторону реки открыта Соборная площадь с пятиглавым четырехстолпным Софийским собором (1568-1570 годы, сохранились фрески 1686-1688 годов) и колокольней 17 века.

К площади примыкает комплекс сооружений Архиерейского подворья (1671-1676), Воскресенский собор (1772-1776) и Архиерейские палаты с домовой церковью Рождества Христова (1667-1670) с палатами Иосифа Золотого (18 в.), Гаврииловским корпусом (конец 17 в.) и Иринеевским корпусом (18 в.).

От центральной площади лучами расходятся улицы, проложенные по регулярному плану 1780-х годов. В основном они застроены домами того же времени в стиле, переходном от барокко к классицизму с деталями декора в народном вологодском духе. Сохранились присутственные места: Ярмарочный дом на берегу реки Золотуха (конец 18 в.), дом Удельного ведомства (начало 19 в.).

К северо-западу от Города находится Верхний Посад. Его древнейшая часть («Ленивая площадка») сохранила церковь Николы — Золотые Кресты (конец 17 — начало 18 в.), строения Успенского горнего монастыря (конец 17 в.). Также в Верхнем Посаде: пятиглавая церковь Константина и Елены с шатровой колокольней (1690), храм Варлаама Хутынского с колокольней (1780), Владимирская церковь с шатровой колокольней (1685-1689). Здесь сохранились деревянные дома застройки 19 века.

Через реку Золотуху по Каменному мосту можно пройти в Нижний Посад. В его центре — Спасская (Сенная) площадь, от которой радиально расходятся улицы. На площади выстроен дом Дворянского собрания (18 в.), рядом — общественные здания в стиле классицизма начала 19 века. Здесь сохранились церкви Иоанна Предтечи в Рощенье (около 1710 года, сохранились фрески), Покрова в Козлене (того же времени). Сохранившиеся жилые дома в основном деревянные, с портиками и балконами, богато украшенные резьбой.

Памятники Заречья выстроились вдоль набережной Вологды. Это пятиглавая Сретенья церковь с колокольней (1731-1735), пятиглавая церковь Иоанна Златоуста с колокольней (конец 17 — начало 18 в.), летняя церковь Дмитрия Прилуцкого на Наволоке (1710-1717), его же зимняя церковь (1750-1759).

В стороне от набережной — пятиглавая двустолпная церковь Николы во Владычной слободе (1669 г., перестраивалась). Среди сохранившейся застройки Заречья — каменные купеческие двухэтажные классицистские особняки (конец 18 — начало 19 в.).

Практически в черте современного города на северо-востоке в живописной излучине реки Вологды находится Спасо-Прилуцкий монастырь (основан в 1371). Его главное здание — пятиглавый четырехстолпный Спасский собор (1537-1542), окруженный с трех сторон крытой двухярусной галереей. Рядом с собором — четырехъярусная колокольня (1644). Через крытый переход из собора можно пройти в трапезную палату (1540-е гг.) с одноглавой Введенской церковью и покоями настоятеля.

Уцелели жилые и хозяйственные постройки 17 века. В стенах монастыря близ церкви Екатерины (1830 г., в стиле ампир) находится могила поэта К. Н. Батюшкова. Монастырь огораживают мощные каменные стены с гранеными башнями, «Святыми воротами» с надвратной церковью Вознесения. На территории монастыря есть деревянные памятники, свезенные из окрестностей. Это шатровая Успенская церковь (16 в.) из Александро-Куштского монастыря, а также Бородаевская церковь из затопленной деревни.

Среди известных уроженцев Вологды — поэт К. Н. Батюшков (есть дом-музей и памятник), писатель В. Т. Шаламов, физик Г. С. Ландсберг. С ближайшими окрестностями Вологды связаны жизнь и творчество В. И. Белова, В. Ф. Тендрякова. В Вологде похоронен поэт Н. М. Рубцов. В Воскресенском соборе был рукоположен один из виднейших русских святых и мыслителей Игнатий Брянчанинов. Вологда, как город северный и суровый, служила местом ссылки. Здесь отбывали ссылку Н. А. Бердяев, А. В. Луначарский, Н. Я. Данилевский.

Красочные описания ссыльных нигилистов оставил в своих записках В. А. Гиляровский (здесь прошло его детство и юность).