Преемник Иоанна иеромонах Мисаил поставил на самой горе деревянную церковь Антония и Феодосия Киево-Печорских, там же были срублены кельи насельников. Вскоре, однако, монастырь на горе (так называемый Ветхий) был сожжен рыцарями Ливонского ордена. В 1520-х годах, при игумене Дорофее монастырь был перенесен к подножию горы, Успенская церковь расширена, устроен пещерный храм во имя Антония и Феодосия, построена церковь во имя Сорока Севастийских мучеников, начато сооружение монастырской звонницы.

Помощь монастырюоказывал государев дьяк Мисюрь Мунехин — человек замечательной образованности и благочестия, ценивший и стратегическое значение Печор. Мисюрь Мунехин оказывал покровительство и игумену монастыря Корнилию, при котором обитель процветала: значительно возросло количество иноков, работали иконописная, плотницкая, керамическая мастерские, была собрана библиотека. Здесь велась Третья Псковская летопись, из так называемых Печорских сборников стала известна переписка князя Андрея Курбского с Иоанном IV.

Игумен Корнилий начал духовное просвещение чуди (эстов), — им были основаны храмы на юге Эстляндии, определены туда священники. При Корнилии, по указанию Ивана Грозного вокруг монастыря была сооружена мощная каменная стена с девятью башнями и тремя воротами, а в монастыре построена каменная Благовещенская церковь и, для стрелецкого гарнизона, постоянно ведшего службу в крепости, — надвратная Никольская церковь, соединенная с боевой башней.

Псково-Печорский монастырь

Стены Печорской крепости идут по склону глубокого оврага, огибая лощину, на дне которой протекает ручей Каменец. Общая длинна стен 726 метров, их толщина 2 метра. Ныне крепостные сооружения состоят из 9 башен. Монастырь выдерживал осады отрядов армии Стефана Батория (в Ливонскую войну), польского гетмана Ходкевича (в Смутное время), шведских королей Карла X Густава и Карла XII. После Северной войны, когда западные рубежи России отодвинулись, монастырь утерял оборонное значение.

В монастыре три почитаемые святыни: чудотворные иконы богоматери — Успения, которая выносится крестным ходом каждый год в престольный праздник, Умиления и Одигитрии. Образ Успения хранится в пещерном Успенском храме, а Умиления и Одигитрии — в Михайловском соборе. Для хранения даров и вкладов в монастырь в конце 17 века была построена каменная ризница, где ныне находится монастырская библиотека. В 18 веке гора была облицована фасадом Успенской церкви, возведенном в стиле барокко. Увенчанный многоярусными куполами, расписанный фресками, он представляет собой лишь стену: сама церковь находится в горе.

На нижней площадке монастыря находятся больничная церковь святого Лазаря, церковь Сретения, Братский корпус и двухэтажная трапезная. На верхней площадке находятся монументальные портики и золотой купол храма Михаила Архангела, построенного в 1827 году на деньги офицеров и солдат, участников войны 1812 года. За куполами Успенской церкви на горе, среди монастырского сада расположилась деревянная церковь Псково-Печорских святых, отличающаяся изяществом и простотой.

В монастыре находится 11 церквей, три из которых — пещерные. Сюда в 1960-е годы приехали из Нововалаамского монастыря в Финляндии великие старцы, хранители духа старого Валаама, не согласные с введением в Финской православной церкви нового календарного стиля. Среди личностей того времени следует отметить игумена Алипия (Воронова) — иконописца, писателя, участника Великой Отечественной войны. Много работал в Печорах знаток иконы, иконописец архимандрит Зинон.

В Печорском районе находится музей народности сето в деревне Сигово. Музей находится в большом сарае крестьянской усадьбы. Сето — этнографическая группа эстонцев. Более пятисот лет они оседло проживали на юго-востоке Эстонии и на Печорской земле. Приняв православие, сето молились с русскими в одних церквах, вместе отмечали церковные праздники, но это не мешало им хранить свои древние языческие традиции, почитать бога Пеко, приносить ему дары, верить в обереги. Сето вели натуральное хозяйство и жили обособленно.